Το Ίδρυμα Χατζηκώνστα διοικείται από εξαμελές Συμβούλιο, του οποίου τα τρία μέλη εκλέγονται από το Δημοτικό Συμβούλιο του Δήμου Αθηναίων και τα τρία μέλη ορίζονται από την Αποκεντρωμένη Διοίκηση Αττικής.
ΔΙΟΙΚΗΤΙΚΟ ΣΥΜΒΟΥΛΙΟ
- Πρόεδρος ο κος Ανδρέας Στεργίου
- Αντιπρόεδρος ο κος Δημήτριος Παπακώστας
- Σύμβουλος Ταμίας η κα Φωτεινή Παπαδοπούλου
- Σύμβουλος Γραμματέας η κα Αναστασία Σιμητροπούλου
- Σύμβουλος Παιδαγωγικού η κα Μαρία Θεοδωρίδου
- Πρόεδρος Επιτροπής Προμηθειών και Σύμβουλος Υπεύθυνος Εργαστηρίων ο κος Ιωάννης Βαρδινογιάννης.